W leczeniu endodontycznym mikroskop zabiegowy jest nieocenionym urządzeniem. Widzenie w powiększeniu jakie zapewnia mikroskop, umożliwia lekarzowi bardzo precyzyjną pracę w niewielkim polu zabiegowym np.: o wielkości 1mm˛. Pozwala to w zakresie leczenia kanałowego m. in.na:

• Odnalezienie i leczenie głównych oraz dodatkowych kanałów korzeniowych zęba wraz z ich rozgałęzieniami, które w tradycyjnym leczeniu często są niewidoczne dla lekarza.
• Usunięcie z kanału złamanych fragmentów narzędzi endodontycznych, wkładów koronowo-korzeniowych, twardych cementów wypełniających kanał.
• Udrożnienie bardzo wąskich kanałów korzeniowych
• Wykonanie skutecznego leczenia w przypadkach o bardzo skomplikowanej i rzadko występującej anatomii systemu kanałów korzeniowych.
• Leczenie resorpcji korzeni zębów